Чтобы принудительно проверить жёсткий диск через fsck, достаточно создать в корне файловой системы файл /forcefsck
sudo touch /forcefsck
После перезагрузки система запустит fsck на все жесткие диски из /etc/fstab и после завершения его работы удалит файл /forcefsck из системы.