Имеется VPS с 512 мб оперативной памяти. MySQL периодически выдаёт данную ошибку.
[ERROR] InnoDB: Cannot allocate memory for the buffer pool
Если используются InnoDB таблицы, то innodb_buffer_pool_size надо делать как можно больше.
Если сервер слабый, то устанавливаем innodb_buffer_pool_size меньше.
В Ubuntu 16.04 в файл /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf в раздел [mysqld] добавляем:
[mysqld] innodb_buffer_pool_size = 10M
и перезапускаем сервис
service mysql restart
https://bogachev.biz/2014/11/27/%D0%9E%D1%88%D0%B8%D0%B1%D0%BA%D0%B0-MySQL-InnoDB-Fatal-error-cannot-allocate-memory-for-the-buffer-pool/
https://aminovadel.com/sql/innodb-fatal-error-cannot-allocate-memory-for-the-buffer-pool.html